沐天波掀起的风波渐渐平息。事后永历帝单独召见沐天波，让他接替石剑秋担任禁军统领。
这也是林思远的意思，论对朱家皇帝的忠心，无人能出其右，让他担任禁军统领，永历帝也更为心安。
此事说到底还是林思远做了退让。
鲁王朱以海得到张煌言的书信后，与张明振等人商议许久，最终还是决定前来广州。主要是厦门的郑成功也不想再留，其副将甘辉三日一请、五日一宴，话里话外都是鲁王何时上路。
对于郑成功来说，他不讨厌朱以海，也并不怎么欢迎他。毕竟朱以海是明宗室，留其在厦门，从长远来看并无益处，所以还不如让其早走。
朱以海到了广州，永历帝带领百官亲往码头迎接。
眼见永历帝銮驾设在码头，朱以海亦步亦趋来到驾前，躬身跪了下去，将随身的监国印绶高高举起，同时口中喊道：“臣朱以海叩见皇帝陛下。”
严起桓适时上前收了印绶，转呈永历皇帝。
按照宗族谱系来论，永历帝要管朱以海叫一声叔叔，是以随后的封赏中，永历帝赐他“皇叔”封号，对其麾下部众也多有赏赐。
待此事过后，林思远便在朝中提议，可参考前番朝会沐天波所奏，重组内阁与枢密院，形成“内阁理政、枢密院统军”的军政分治格局。
内阁仍由首辅严起桓主持，下设六部，分管吏、户、礼、兵、刑、工诸务；枢密院由张煌言出任枢密使，统辖广东各镇兵马，凡调兵、筹粮、出征等军务，皆由枢密院拟定方略，呈内阁票拟，再经永历帝朱批后施行。
林思远自请不领内阁与枢密院实职，仍以靖海伯之衔督广东军务，兼领商会，专司火器制造、海路贸易与粮饷筹措。
张煌言就任枢密使后办的第一件事，便是将忠贞营正式编入广东军制。
他与高一功在越秀山下谈了整整一日，两人席地而坐，对着军册逐营核对兵员、马匹、器械数目，又商定了忠贞营的驻地，分驻韶州、南雄两处，与张月所部形成犄角之势，互为策应。
枢密院挂牌当日，张煌言在院门前立了一块石碑，亲笔题了四个字：精诚贯日。
就在广东军政一体改革之际，清廷那边却是出了一件大事——摄政王多尔衮暴毙了！
消息传到广州时，已是次年正月。
多尔衮是清廷入关后的实际掌舵人，当年皇太极猝死，满朝诸王争立，是多尔衮一手将年仅六岁的顺治帝扶上皇位，又以摄政王之尊总揽朝纲，挥师入关，定鼎中原。
他的死意味着清廷中枢的权力天平骤然失衡。
多尔衮死后不过月余，风向便急转直下。
曾被多尔衮打压多年的郑亲王济尔哈朗迅速回京接管朝政，随即掀起了一场针对多尔衮余党的清洗。
顺治帝下旨削去多尔衮生前一切爵位，籍没家产，平毁坟墓，多尔衮生前重用的大臣也陆续遭到贬斥或调离。
洪承畴是多尔衮生前力主起用的汉臣，他的五省经略之权是多尔衮亲手授予的。
如今靠山倒了，朝中对他的“以汉制汉”方略多有质疑，但济尔哈朗尚需他在前线稳住局面，暂时没有动他。
远在四川的吴三桂则趁机上书向新朝廷表忠，请求扩大征伐四川的兵权。
而先前受命前往福建督军的耿继茂在得知多尔衮死后，也加紧收拢残部，意欲在福建站稳脚跟。
广州枢密院中，张煌言将这份军报搁在案上，对林思远道：“多尔衮一死，清廷内部的权力争斗不会在短时间内平息。洪承畴虽仍坐在经略的位置上，但他已没有了当年多尔衮在时的底气。对我们而言，这是千载难逢的良机。”
林思远站在窗前，望着窗外湛蓝的天空，缓缓点头，说道：“趁他们还在争权，我们先把广东的根基夯实。等清廷重新理顺朝政，我大明已不是他们认识的大明了。”
然而事实是，清廷并未因内部动乱，而减缓对南明的围猎，洪承畴经略五省之初，便定下先抚后剿的策略，而今招抚之术已经用完，接下来便是剿了。
他给清廷上书请战，同时附了一份极为详细的战略谋划。
按照他的想法，清军绝不能给南明以喘息之机，此一战务必要尽全功，实现对南明军队的彻底切割，即便不能尽数剿灭，但亦要对其进行重创。
所以，他的战略构思是这样的，让耿继茂在福建拖住郑成功，使其无力西顾；孔有德与清廷和硕豫亲王多铎，合兵五万进取桂林；吴三桂由四川挺进云贵，策动孙可望拿下李定国与刘文秀；而他自己则统兵两万，由江西挺进湖广解决何腾蛟部。
按照他的预想，湖广地区少了忠贞营的策应，何腾蛟残部根本不是对手，待拿下何腾蛟后，便迅速南下永州、衡阳一线，挟制广东明军，为孔友德、多铎制造西进的机会。
他此次谋划的重点，主要针对西南，为的就是孙可望麾下的几十万人，若能成功助反孙可望，西南再无战事，而广东的永历小朝廷，亦不过弹指一挥间。
除却国内兵马的调动，他还上奏清廷，以朝廷名义发诏书联络台湾的荷兰人，许以贸易特权，换取其舰队封锁福建至广东沿海，从海路切断郑成功与广州之间的航道。
这道奏疏递入京师时，济尔哈朗已在主持朝政。
他虽对洪承畴这个多尔衮旧部心存戒备，但在军事上不得不倚重他，对这道奏疏的批复只有四个字：“依议速办。”
洪承畴得到准许之后，迅速开始行动，先命耿继茂在福建作出佯攻厦门的姿态，牵制郑成功主力，使其无暇西顾广州。
与此同时，洪承畴亲率中军两万，自南昌出发，沿赣江南下，直扑湖广。
桂林方向，多铎与孔有德合兵五万，早已逼近桂林。孔有德围桂林近一年无功而返，此番卷土重来，志在必得。
多铎是多尔衮的亲弟弟，作战风格以猛悍著称，此番被济尔哈朗启用南征，正是为了让他戴罪立功，以抵消多尔衮死后豫亲王一系在朝中遭受的清算。
四川方向，吴三桂接到洪承畴的军令后，率部从保宁南下，进逼川南。
刘文秀在川南仅有四五万兵力，面对吴三桂的数万精锐，不敢轻敌，急令各部收缩防线，退守叙州、泸州一线，同时遣使星夜去见李定国，告知吴三桂南下的消息，请其速作应对。
这一年，是1652年，清顺治九年，明永历六年。